Konstrukcję gniazda tworzą patyki i gałęzie układane w formie pierścienia. Nieckę środkową, czyli wyściółkę stanowi drobniejszy materiał: siano, słoma, perz, często szmaty, kawałki folii plastikowej lub papieru, a od niedawna nylonowe sznurki. Gniazdo jest nadbudowywane z roku na rok, a także niemal codziennie, w czasie całego okresu lęgowego, uzupełniane nowym materiałem. Podczas pobytu piskląt w gnieździe dokładanie nowego materiału ma także znaczenie dla utrzymania czystości, choć bywa, że ptaki usuwają z gniazda zużyte i pokruszone części wyściółki. Zaobserwowano, że ptaki intensywniej znoszą do gniazd materiał, gdy zbliża się okres deszczowy. Gniazda najchętniej zakładane są na wysokości 10-20 m nad ziemią. Doświadczenia z hodowli wskazują, że wysokość minimalna akceptowana przez ptaki zdrowe wynosi 2-3 m. W gniazdach bocianich bardzo często jako sublokatorzy gnieżdżą się inne gatunki ptaków. Najczęściej są to wróble domowe i mazurki, ale spotykano tam także szpaki, kawki, pliszki, strzyżyka, a niekiedy nawet pójdźki, pustułki i kraski (te ostatnie gatunki na południu Europy). W korpusie dużego bocianiego gniazda naliczono na przykład 5 par kawek i ok. 40 par wróbli. W innym gnieździe stwierdzono co najmniej 10 par wróbli, 5 par mazurków oraz po jednej parze pustułek i krasek. W gniazdach opuszczonych zbudowana z patyków część zewnętrzna ulega szybszemu zniszczeniu, a dłuższy czas, niekiedy wiele lat, zachowuje się wnętrze, które stanowi zbita masa ziemi, siana i drobnych patyków, dlatego gniazda takie łatwo rozpoznać po kulistym kształcie. Niekiedy wyrastają w nich różne rośliny zielne, a nawet małe drzewka.
Pamiętajmy, że gniazdo scala parę bocianów w okresie lęgowym. Po wyprowdzeniu młodych (lub utracie lęgu), kiedy gaśnie instynkt rozrodczy gniazdo przestaje być elementem łączącym parę i wówczas np. bociany nocują w miejscu bezpiecznym np. słup energetyczny, komin, dach wysokiego budynku, drzewo. Nie oznacza to wcale, że bociany czują się samotne, czy też „bezdomne” 🙂